Stéphane Ruffier est né à Bayonne le 26 septembre 1986. Il est le fils de Jean-François Ruffier, champion de France de pelote basque à chistera, et Patricia Ruffier. Il a deux sœurs, Sabrina et Sandra (ancienne patineuse artistique). Il mesure 1,87 m et pèse 90 kg. Portrait en détail du nouveau gardien de l'AS Saint-Etienne.
Il débute le football à l'âge de six ans et prend sa première licence au club de l'Aviron Bayonnais. Plus grand que ses autres camarades il débute au poste d'attaquant, mais très vite son entraineur lui propose de jouer gardien de but. Il accepte et devient très vite passionné par ce poste. Stéphane est alors déjà très assidue aux entraînements. Il passe les catégories les unes après les autres, toujours en progressant et remporte la Coupe des Pyrénées à 12 ans. Il est alors choisi pour participer au lever de rideau du match Argentine-Japon lors du Mondial 1998 à Toulouse avec la sélection basque.
Un an plus tard, il effectue un essai non concluant à Montpellier; il est ensuite repéré, au printemps 2002, par Arnold Catalano, recruteur de l'AS Monaco, qui le convie à un tournoi en Italie. Expulsé lors de son premier match, il plait à Gérard Banide, patron de la formation monégasque et signe son premier contrat de formation à l'AS Monaco le 2 août 2002. Il suit les enseignements d'anciens joueurs tels Jean-Luc Ettori, André Amitrano ou André Biancarelli et intègre le groupe sénior de l'ASM en 2004.
Il est prêté à Bayonne lors de la saison 2005/2006. Il fait son retour un an plus tard et dispute ses premiers matchs en pro (3 matchs en Coupe de France). Il dispute la majeure partie de la saison avec l'équipe réserve,barré par la présence de Flavio Roma. Il dispute son premier match en Ligue 1 le 15 août 2007 contre le FC Metz (victoire 2 à 0) en remplaçant Roma à la 58ème minute de jeu. Il est ensuite titulaire la journée suivante lors de la belle victoire face à Sochaux 3 à 0.
En octobre, il devient international espoir pour les deux matchs de qualification à l'Euro Espoirs 2009 face au Pays de Galles et Maltes. Il jouera 12 matchs complets cette saison-là (dont deux de Coupe).
La saison suivante Stéphane Ruffier devient enfin le gardien titulaire de l'ASM. Il efface Flavio Roma au yeux de son entraîneur Ricardo. Il gagne également sa place en EDF espoirs et prolonge à Monaco jusqu'en 2010. Mais en novembre 2008, il est arrêté pour 5 semaines à cause d'une fracture du 4e métacarpien de la main droite, son entraîneur remet en cause sa place de titulaire en mettant en balance les performances de Roma durant son absence. L'italien se blesse finalement 2 semaines plus tard et c'est Yohann Thuram-Ullien qui le remplace.
Le basque est finalement de retour dans son but en décembre. Ainsi, il joue 32 matchs de championnat et s'impose comme une valeur sûre du championnat à son poste, malgré la saison en dents de scie de son club (11e). Courtisé par le PSG, les Girondins de Bordeaux ou encore le LOSC, il décide prolonger avec son club formateur en juin 2009. Guy Lacombe est alors intronisé nouvel entraîneur de Monaco et confirme Ruffier à son poste.
Stéphane débute la saison de manière idéale en en enchaînant pas moins de 4 matchs sans concéder le moindre but. Son incroyable prestation au Parc des Princes contre le PSG (victoire 1-0) le 20 janvier constitue selon de nombreux observateurs l'un des meilleurs matchs de sa jeune carrière. Il est même désigné meilleur joueur de la journée par francefootball.fr.
L'AS Monaco finit la saison 2009/2010 à la 8e place avec un total de 45 buts encaissés, soit 1,18 but/match. Au mondial 2010, Ruffier fait partie des joueurs surveillés par Raymond Domenech et son staff. Il ne sera pas retenu dans le groupe des 30. Cependant suite au forfait de Cédric Carrasso, Stéphane Ruffier est donc appelé en renfort par le staff de l'Équipe de France. Il participe aux entrainements sans avoir le droit d'être inclus sur les feuilles de match suite à une décision de la FIFA.
Après la catastrophe de la Coupe du Monde et l'affaire Knysna, Laurent Blanc, le nouveau sélectionneur décide de punir tous les joueurs présents en ne les sélectionnant pas. Il appelle alors Stéphane en tant que gardien numéro 1 pour le match amical des Bleus face à la Norvège, le 11 août 2010. Il fait ses débuts avec les Bleus lors de cette rencontre (défaite 2-1).
Malgré sa nomination en tant que capitaine par Guy Lacombe, le début de la saison 2010/2011 est plus compliquée pour le portier français, l'équipe du rocher pointant à la 17e place de Ligue 1 à la mi-saison. L'AS Monaco sera finalement relégué en Ligue 2 en fin de saison avec 44 points.
Stéphane ne veut alors pas évoluer en Ligue 2. Il s'engage le 11 juillet 2011 avec l'AS Saint-Etienne pour un contrat de quatre ans avec les Verts. Le club aurait déboursé 3 millions d'euros (plus quelques bonus) pour s'attacher les services de l'international français.
Bonne chance à lui en Vert.